Geomorphologie und Paläobotanik der archäologischen Zone von Via Neroniana
Die einzige bis jetzt mit einer gewissen Genauigkeit untersuchte Zone ist die von via Neroniana. Eine Reihe von tiefen Kernbohrungen hat gezeigt, dass sich während der letzten Eiszeit im westlichen Teil des Grabungsgebietes ein Teich reich an Thermalgewässer befand. Gegen Ende der Eiszeit (vor ca. 10.000 Jahren) fand eine Senkung des Wasserniveaus statt, mit darauffolgender Emersion der Sedimentierungen, die sich im Inneren des lakustrischen Thermalbeckens abgelagert hatten. Auf den emporgestiegenen lakustrischen Sedimentierungen und den umliegenden Schwemmablagerungen bildete sich ein Erdboden, auf dem die Spuren der ersten menschlichen Gegenwart gefunden wurden (3. Jahrtausend v. Chr., Kupfersteinzeit). Die letzte Phase der Flusssedimentierung fand mit der Überschwemmungen des Brenta di Mezzavia zwischen dem 5. und 3. Jahrtausend statt. Die nun gefestigte Oberfläche der Ebene wurde während der Späten Bronzezeit bewohnt, um dann zur Römerzeit tief verändert zu werden.
Während der letzten Eiszeit, vor ca. 20.000 Jahren, befand sich ein nicht tiefer Teich in der Nähe der archäologischen Zone von Via Neroniana, der sich bis zu einer Niederung im Nordwesten ausdehnte. Die umliegende Vegetation bestand aus Pflanzen, die einen feuchten Boden lieben, wie die Erle, der breitblättriger Rohrkolben, die Seggen und das Labkraut. Es wuchs hier auch die Salzbinse, eine Graspflanze die Salzböden vorliebt, die am Anfang des 20. Jh. reichlich an den natürlichen Thermalquellen von Montegrotto wuchs, wo der Boden wegen der Wasserstauung eine hohe Salzkonzentration hatte. Die Gebiete mit trocknerem und sonnigem Boden waren mit Gras- und Strauchpflanzen bewachsen, wie mit Wacholder, Beifuß, Sanddorn, Süßgräsern und Sonnenröschen. Es gab kleine Waldgebiete mit Latschkiefern, Waldkiefern und Birken, alle Pflanzen kälterer Klimazonen, die jetzt nicht mehr zu der euganeischen Naturflora gehören. Die in den Teichablagerungen gefundenen fossilen Kieselalgen lassen vermuten, dass die Teiche mit Thermalwasser gefüllt waren, mit dem Meteorwasser oder dem Grundwasser vermischte. Die gefundenen Arten bevorzugen Süß- oder Brackwasser mit neutralem pH oder höher als 7, wie es für das euganeische Thermalwasser charakteristisch ist. Am Ende der letzten Eiszeit (vor ca. 10.000 Jahren) rückt der Latschenwald vor, aber es beginnen auch Pflanzen von milderen und feuchteren Klimazonen zu blühen, die wahrscheinlich während der kälteren Epochen an den südlichen Abhängen überlebt haben, wie die Fichte, die Buche und die Hainbuche, aber auch Pflanzen wärmerer Klimazonen, die auch heute noch in den Hügeln wachsen, wie die Haselnuss in den sonnigen Zonen, die Hopfenbuche, die Linde, die Ulme und die Eiche. Die typischen Wasserpflanzen verschwinden, während die Pflanzen feuchterer Böden zunehmen: Ein Zeichen einer fortschreitenden Austrocknung des Geländes am Ende der letzten Eiszeit. Das hat zur Emersion der Teichablagerungen im südöstlichen Teil der Ausgrabungen geführt und somit die Unterbrechung der Sedimentationsvorgänge sowie auch die Entstehung eines Erdbodens verursacht. Leider entstehen die Erdböden unter luftarmen Bedingungen und somit nicht geeignet für die Erhaltung der organischen Pflanzenüberreste. Deswegen bestehen nicht genügende Elemente für eine Rekonstruktion des Milieus.Kurze Überschwemmungsperioden des Gebietes haben die Entwicklung von Gastropoden ermöglicht, von denen reichliche Überreste gefunden wurden. Außerdem wurde eine autochthone Art von Bithynia tentaculata (Linnaeus, 1758) und Heleobia aponensis (Martens, 1858), weit verbreitete Arten im euganeischen Thermalgebiet gefunden. Die zweite hat nur eine Verbreitung, die in den Thermalgewässern der Euganeischen Hügel und in Gewässern begrenzt ist, mit einer Wassertemperatur höher als 40°C. Die fossile Fauna bezeugt, dass das Gebiet kurzen Überschwemmungsperioden unterworfen war, mit nicht tiefen Gewässern und Thermalwasserzufuhr.
Als die Villa nach dem 14. Jh. v. Chr. und vor dem Beginn des 1. Jh. n. Chr. im nördlichen Teil des Gebietes gebaut wurde, waren Getreide- (Hafer, Weizen, Roggen) und Weinanbau vorhanden. Die natürliche Vegetation bestand aus Eichen, Nussbäumen und Ulmen, sowie aus Buchen und Steinbuchen und auch aus Fruchtbäumen, wie Kastanien-, Nuss- und Olivenbäume. Die Sedimente, die diese Vegetationsüberreste und die Anwesenheit des Menschen und des Ackerbaues bezeugen, bestehen aus der Auffüllung von kleinen Gräben, die zur Dränung des Geländes ausgehoben wurden. An den Ufern wuchsen Wasserpflanzen wie die Sumpfbinsen und in den Gräben der Wasserhahnenfuss und grüne Algen wie Glanz- und Armleuchteralgen.